A Direção Geral é a subseção em que ocorre a direção máxima do núcleo, onde são encontrados documentos referentes à sua criação, planejamento institucional, acompanhamento de atividades, publicações editoriais, planejamento de concursos de docente, entre outros.

O primeiro regimento do PPLS foi aprovado pela **Resolução Nº 127, de 12 de outubro de 1972, sendo efetivamente criado junto com o NAEA, em 1973, para efetivar a implantação do Curso de Formação de Especialistas em Desenvolvimento de Áreas Amazônicas pelo Programa Internacional de Treinamento de Projeto de Desenvolvimento em Áreas Amazônicas (FIPAM). A partir de então foram oferecidos os cursos de especialização em vários temas: Desenvolvimento Urbano, Políticas Públicas e Ordenamento; Gestão Universitária; dentre outros.

O Programa de Pós-Graduação em Desenvolvimento Sustentável do Trópico Úmido foi criado pela Resolução Nº 388, de 3 de novembro de 1976 e, atualmente, oferta pós-graduação stricto sensu nos níveis de Mestrado e Doutorado, com regimento vigente aprovado pela. O Mestrado em Planejamento do Desenvolvimento (PLADES) foi implantado em 1977 e foi pioneiro dos programas de pós-graduação stricto sensu das áreas de humanidades e ciências sociais aplicadas na Amazônia. O curso foi, desde o início, temático voltado à formação e à pesquisa sobre o planejamento do desenvolvimento. O Doutorado em Ciências – Desenvolvimento Socioambiental iniciou em 1994, absorvendo o debate crítico de ponta na época nos temas sobre desenvolvimento, planejamento e questões ambientais.